Через несколько часов после первых уведомлений о крушении самолета Пригожина, Росавиация объявила о создании комиссии ведомства, которая уже начала расследовать причины и обстоятельства этой авиакатастрофы. В то же время Следственный комитет (СК) сообщил о возбуждении уголовного дела по статье 263 Уголовного кодекса, касающейся нарушения правил безопасности движения и воздушного транспорта.
С начала августа Росавиация и СК воздерживались от официальных заявлений о происшествии с бизнес-джетом. Вокруг этой катастрофы возникло множество разговоров и домыслов, и пресс-секретарь российского президента Дмитрий Песков призвал ждать официальных фактов, опровергая утверждения западных СМИ о возможной причастности Кремля к этой трагедии. Позднее, 30 августа, Песков назвал «преднамеренное злодеяние» как одну из возможных причин крушения.
Расследование уголовного дела о гибели пассажиров бизнес-джета Пригожина поручили следователю главного управления по расследованию особо важных дел в Следственном комитете, Ивану Сибуле. Он уже расследовал звучные случаи авиакатастроф, такие как авиакатастрофа в аэропорту Внуково в 2014 году, в результате которой погиб глава французской нефтяной компании Total, Кристоф де Маржери, а также крушение самолета Superjet 100 в Шереметьево в 2019 году. В обоих случаях Межгосударственный авиационный комитет (МАК) расследовал причины происшествий, в соответствии с международными авиационными конвенциями.
МАК отвечает за организацию расследования авиапроисшествий на территории России, согласно правительственному постановлению от 1998 года, которое устанавливает правила расследования инцидентов и происшествий с гражданской авиацией. Однако, как сообщили в Следственном комитете, МАК не участвует в расследовании катастрофы бизнес-джета, и его представители не включены в состав комиссии Росавиации, как утверждает источник, близкий к Следственному комитету.
Следственный комитет и Росавиация имеют разные задачи в ходе расследования авиакатастрофы. СК ищет виновных, в то время как Росавиация фокусируется на определении причин авиационного происшествия. Это важно, чтобы установить ответственность и обеспечить безопасность авиации. Юрист Игорь Трунов подчеркивает, что оба ведомства проводят экспертизу, анализ «черных ящиков» и, при необходимости, взрывотехнические экспертизы. Однако, приоритет для суда будет иметь следствие по уголовному делу, так как авиационные власти не могут принимать решения о виновности.
Авиационный эксперт Григорий Померанцев подчеркивает важность беспристрастности и независимости органа, сформировавшего комиссию для расследования авиапроисшествий. Он считает, что МАК полностью удовлетворяет этим требованиям, так как комитет обладает всей необходимой компетенцией и экспертами с узкоспециализированными знаниями.
Среди возможных причин, по которым Росавиация создала свою комиссию для расследования крушения, Трунов указывает на особенности пассажиров бизнес-джета, которые могли иметь оружие на борту. Однако, на ранних стадиях расследования стало ясно, была ли взрывчатка и, если да, то её место нахождения, что, возможно, сделало расследование МАК неактуальным.
Важно отметить, что правительственное постановление, регулирующее расследование авиационных происшествий, соответствует международным стандартам и рекомендациям Конвенции о международной гражданской авиации 1944 года. Однако после введения международных санкций против российской авиаотрасли из-за событий на Украине, международная общность выразила обеспокоенность в области безопасности полетов российской гражданской авиации, и Россия не была переизбрана в совет Международной организации гражданской авиации (ICAO).
Согласно Чикагской конвенции, представители государства-изготовителя воздушного судна имеют право участвовать в расследовании авиапроисшествий, но это не обязательство, и они могут воспользоваться этим правом по своему усмотрению. Руководитель Росавиации Александр Нерадько предполагает, что западные авиапроизводители воспользуются этим правом, так как это влияет на их репутацию.
В бразильском центре по исследованию и предотвращению авиационных происшествий (CENIPA), который имеет отношение к разбившемуся самолету Embraer, сначала говорили о готовности присоединиться к расследованию катастрофы, если будут приглашены Россией и если расследование будет соответствовать международным стандартам. Однако позднее они сообщили, что Россия решила провести расследование самостоятельно, ссылаясь на то, что регулирование воздушного транспорта является исключительной обязанностью суверенных государств, согласно Чикагской конвенции.